重庆医科大学附属儿童医院新生儿科成立于1980年，现为国家级临床重点专科、首批全国新生儿围产医学专科医师培训基地、首批国家围产新生儿保健特色专科建设单位、国家临床重点专科围产医学专科联盟主任委员单位、全国新生儿专科医联体副理事长单位、重庆市市级危重新生儿救治中心等。

经过几代人的努力，新生儿科发展成为拥有渝中和两江院区病房，现开放床位达310张，有新生儿重症监护室、新生儿家化病房、新生儿普通病室及新生儿专科门诊。年住院病人10000余人次，专科门急诊近10万人次，120转运危重新生儿2500余人次。集临床、科研、教学和培训为一体的整体规模全国领先新生儿诊疗中心。

科室现有医护人员296名，专科医生52名，专科护士244名。正高8名,副高8名；博士研究生导师2名，硕士研究生导师13名，博士19名，硕士37名。拥有国内最先进的危重新生儿转运及抢救设备，在新生儿内科疾病、危重症、超小早产儿综合救治、CRRT、床旁重症超声及新生儿外科围手术期监护方面具有丰富的临床经验；联合其他学科开展ECMO、脐带间充质干细胞移植等危重新生儿救治技术，成效显著。科室拥有专业的新生儿疾病实验室，科研主攻方向为无创呼吸支持、细菌感染和黄疸等领域。

获重庆市科技成果二等奖4次，三等奖7次，先后承担并完成国家自然科学基金项目课题16项，省部级科研项目22项，厅局级项目17项，“863”国家科技支撑计划国内科研合作项目1项，2022年牵头申报并获准十四五国家重点研发计划“生育健康及妇女儿童健康保障”重点专项《极早产儿救治和后遗症防治关键技术研究》项目，经费达2170万元；其他国内科研合作项目2项，获外向型科研经费约1000万元。发表论文400余篇，其中SCI 100余篇，单篇影响因子最高达26.8。参编著作及教材40余部，获国家发明专利1项，国家实用新型专利20余项，培养博士后5名、博士研究生20多名、硕士研究生120多名。